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重要進展 | 北京醫院李金明、張瑞團隊建立腫瘤靶向用藥基因突變檢測標準樣本和數據集
  • 發布日期:2022-06-07
  • 來源:北京醫院
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腫瘤是嚴重危害健康的重大疾病,靶向藥物是腫瘤晚期(如肺癌、結直腸癌、乳腺癌等)患者治療的重要手段。但是,靶向藥物并非對所有患者均有效果,其療效與患者的特定基因突變密切相關。因此,臨床上在選擇靶向藥物時,需要由臨床實驗室先對患者進行組織或血液的基因突變檢測,這也是精準醫學在臨床應用中的重要領域。

近年來,隨著藥物和臨床研究的進展,靶向治療藥物以及相關基因位點也越來越多,“大panel”靶向測序由于可同時檢測多個基因的多個位點,逐步成為臨床實驗室檢測的重要方法。然而,“大panel”體細胞突變檢測,需采用高度復雜的高通量測序檢測方法。目前,迫切需要進一步研究,找到影響“大panel”靶向測序方法準確性的相關因素,以確保實驗室能有效地找出“靶向藥物適用人群”。

2022年3月31日,北京醫院臨床檢驗中心李金明研究員和張瑞研究員團隊經過2年的潛心研究,在國際學術期刊《Journal of Advanced Research》(影響因子:10.47,Q1區)發表了題為“Consistency and reproducibility of large panel next-generation sequencing: Multi-laboratory assessment of somatic mutation detection on reference materials with mismatch repair and proofreading deficiency”(中文譯名:基于DNA復制校正和錯配修復缺陷參考物質的體細胞突變大panel靶向測序檢測標準化研究)的研究論文,建立了腫瘤體細胞突變標準樣本和標準數據集,揭示了各實驗室“大panel”錯誤檢測結果的來源,為提升各實驗室“大panel”靶向測序檢測能力和標準化提供了重要參考,以進一步提升實驗室“基因突變檢測工作”的準確性和靶向藥物使用的有效性。

本項研究的實驗工作及數據分析由北京醫院研究團隊獨立完成,共同通訊作者為北京醫院臨床檢驗中心張瑞研究員和李金明研究員,第一作者為北京醫院臨床檢驗中心研究生王鐸和張遠峰。該研究利用CRISPR/Cas9技術,產生DNA復制校正和錯配修復缺陷的“腫瘤-正常”配對的體細胞突變標準樣本,并基于不同測序平臺的全外顯子測序及靶向測序數據,建立了高置信體細胞突變標準數據集。

該研究通過分析不同流程的檢測結果,評估不同突變類型、不同文庫構建方案、不同測序平臺、不同生物信息學分析流程對突變結果的影響,發現“大panel”靶向測序結果的準確性受到突變豐度、測序質量、配對過濾、突變注釋等因素的影響。另外樣本間污染盡管少見,但一旦出現則可導致大量假陽性結果。

本研究建立了可監測實驗室“大panel”靶向測序結果的標準樣本和標準數據集,并發現了影響結果準確性的關鍵因素,有如打開了實驗室“大panel”檢測的“黑箱”,提示了實驗室進行方法優化、性能確認和質量控制的關鍵點,有助于提高對患者基因突變檢測結果的準確性,對促進和保障臨床惡性腫瘤靶向治療精準用藥,具有重要的臨床價值與實踐意義。


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